中国共产主义青年团重庆医科大学中医药学院总支部委员会（以下简称学院团总支）是在学院党委领导下、校团委指导下的先进青年群众组织，是学院党委领导学院工作的得力政治助手，是全院学生群团的可靠组织支柱，是学院与青年学生联系沟通的牢固桥梁纽带，学院团总支紧密围绕“立德树人”根本任务，切实服务青年成长成才。

学院团总支下设6个部门：纪检部、宣教部、组织部、志愿服务工作部、学生社团管理工作部、文体教育活动工作部，指导中医药学院学生会（学习部、科创部、权益服务部、社会实践部）、学生专业团队（国医“童”行志愿服务队、毕业生专项志愿服务队、心理健康专项志愿者团队、礼仪队、主持队、辩论队）等群团工作。